設計融合蛋白藥物的更好方法



在A * STAR開發的新軟件可以幫助科學家設計復雜的生物制藥藥物,這些藥物需要將蛋白質結合在一起。該工具可在線免費獲取,允許研究人員和藥物開發人員輸入所需的蛋白質片段,并相應地選擇最佳“接頭”。

設計融合蛋白藥物的更好方法

領導平臺開發商Dong-Yup Lee,A * STAR生物加工技術研究所(BTI)和新加坡國立大學的化學工程師表示,他“非常愿意與其他研究人員合作,特別是來自生物制藥公司,他們正在尋找適合其合成融合蛋白藥物的接頭。“

Lee和他的同事在Bioinformatics期刊中描述了該軟件。

合適的肽接頭的選擇可能是復雜的,并且在抗體和其他涉及連接兩種不同蛋白質的復雜藥物或生物技術工具的設計中經常被忽略。然而,如果使用不合適的接頭,附著的蛋白質可能無法正確折疊。它們也可能表達水平較低,或活動受損。

為了改進連接子選擇過程,Lee和他的同事開發了一個名為SynLinker的基于網絡的平臺,該平臺包含2,150個天然肽接頭和另外110個人工或經驗連接子的數據庫。用戶可以通過接頭長度,氨基酸組成,溶解度和影響接頭靈活性和功能的其他特征來搜索SynLinker。從多個候選接頭中挑選后,用戶可以使用每個接頭對其所需的融合蛋白構建體進行建模。“預測融合蛋白的可能構象是SynLinker的一個獨特特征,”Lee說。

Lee的團隊使用SynLinker為融合酶選擇合適的接頭,使科學家能夠在實驗室模型生物中研究人體藥物代謝。Lee解釋說,他和他的同事們正在酵母菌株中表達這些融合系統,他們“目前正在通過與BTI微生物組合作進行功能測試的實驗驗證。”

類似的生物信息學工具已經存在,但現在已經停止。名為LINKER的一個不再在線,另一個稱為LinkerDB,不再被更新或改進。SynLinker對生物醫學研究界非常重要,因為它提供了同類最新,最全面的資源。“SynLinker是唯一可用于在合成融合蛋白設計中選擇接頭候選物的最新在線資源,”Lee說。

SynLinker可在線免費獲取。“我們還提供在線幫助信息和教程視頻,以指導用戶使用SynLinker,”Lee說。

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